Lớn lên, Khổng Dung làm quan cho nhà Đông Hán. Đến năm 190, ông được bổ nhiệm làm tướng quốc nước Bắc Hải thuộc Thanh châu, khu vực là địa bàn hoạt động của quân khởi nghĩa Khăn Vàng. Khi đến Bắc Hải, ông ra sức chỉnh đốn lại tình hình nội trị và tái thiết, mở nhiều trường học, thu dụng nhiều người phải chạy loạn do chiến tranh.

Khổng Dung nghe tiếng Thái Sử Từ ở Đông Lai là người có tài muốn kết giao. Nhiều lần Khổng Dung đến thăm và biếu quà cho mẹ Thái Sử Từ.

Năm 193, quân Khăn Vàng hoạt động mạnh trở lại. Để đề phòng quân Khăn Vàng, Khổng Dung điều quân ra đóng ở Đô Xương[2], liền bị tướng Khăn Vàng là Quản Hợi bao vây. Đúng lúc đó Thái Sử Từ trở về nhà. Mẹ Thái Sử Từ khuyên con đi trả ơn Khổng Dung. Thái Sử Từ phóng ngựa đến thành Đô Xương, nhân lúc quân Quản Hợi lơi lỏng bèn vượt vòng vây vào trong thành gặp Khổng Dung.

Địa bàn Thanh châu khi đó trở thành nơi tranh chấp giữa 2 quân phiệt Viên Thiệu và Công Tôn Toản. Công Tôn Toản cũng cử thủ hạ Điền Khải làm thứ sử Thanh châu, Viên Thiệu cũng sai con cả là Viên Đàm làm Thứ sử Thanh châu, hai bên đánh nhau. Công Tôn Toản sai Lưu Bị và Triệu Vân mang quân giúp sức Điền Khải, đóng quân ở Bình Nguyên.

Khổng Dung muốn cầu viện Lưu Bị ở Bình Nguyên, bèn cử Thái Sử Từ cầm thư đi cầu cứu. Thái Sử Từ đến Bình Nguyên, gặp Lưu Bị cầu cứu. Lưu Bị nhận lời, mang 3000 quân lại cứu Khổng Dung. Quân Khăn Vàng thấy có viện binh bèn rút lui. Khổng Dung qua được nạn đó càng quý trọng Thái Sử Từ, nhưng rồi Từ từ biệt ông sang Dương châu với người quen là Thứ sử Lưu Do[3].

Năm 195, Điền Khải chết, Khổng Dung được Lưu Bị tiến cử làm Thứ sử Thanh châu. Sang năm 196, Viên Đàm theo lệnh của Viên Thiệu tấn công Khổng Dung. Khổng Dung không chống cự nổi, phải bỏ thành chạy, gia quyến của ông bị bắt.